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ASMS2019，赛默飞重磅推出全新一代的Q Exactive系列旗舰机——Thermo Scienti ...
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人血液含有来源于几乎所有细胞、组织、器官的蛋白质，可以直接反映病理、生理状态，是各种疾病诊断、生物标志物发现的最有价值的标本。因此，长期以来，血浆蛋白质组一直是人们研究的热点，并被人类蛋白质组组织（HUPO）列为首批启动的重大国际合作研究项目。
1. 全血（Blood）、血浆（P ...
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免疫共沉淀（CoIP）作为一种研究蛋白质相互作用的经典技术被广泛的应用于信号通路或生物学功能和机制的研究中。其主要包括两个基本的步骤：一、利用Protein A和Protein G对抗体的特异性亲和作用将抗体捕获。二、利用抗体对抗原的特异性结合将目标蛋白及其相互作用的蛋白一起捕获 ...
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免疫共沉淀实验原理介绍：
免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation），简称 Co-IP，其原理是当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质－蛋白质间的相互作用被保留了下来, 如果用蛋白质 X 的抗体 anti-X（通常称为 IP 抗体）将 X 特异 ...
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本文转自科学网高友鹤老师博文，原文链接：http://blog.sciencenet.cn/blog-244733-762866.html.本文为全文引用，未做任何修改，文章版权属于高友鹤老师本人。
蛋白质相互作用研究面临的问题是：
1，蛋白质相互作用有强有弱，不能在研究的过程 ...
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导读：
Gygi 和Churchill在6月15日在Nature在线发表的文章中比较了192个多样性远系繁殖小鼠中肝脏的mRNA和蛋白水平，破解了生物学和医学上的一个显著问题：遗传变异如何造成蛋白水平的影响。
首次结合两个大型的技术—复合质谱和小鼠群体自然遗传上丰富的多样 ...
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注：文章摘自Orbitrap组学俱乐部
蛋白质糖基化(glycosylation)是一种最常见和最重要的翻译后修饰，随着Orbitrap技术的发展，糖蛋白质组学的研究已经不满足于N-糖蛋白的鉴定，越来越多的文献报道了运用Orbitrap高分辨质谱鉴定N-糖肽和O-糖肽，并与生物学 ...
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WB磷酸化蛋白曝不出条带的时候，会特别沮丧，特别希望有人指点一二。CST总结了下问题类型，不难发现，磷酸化抗体的使用，仍是许多人关心的重点，今天我们单独把它拎出来说一说吧。
1.确定样本中磷酸化蛋白的表达量
①对的样本，②正确的处理方法和③合适的阳性对照是实验成功的第一步。
① ...
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GST pull-down实验是一个行之有效的验证酵母双杂交系统的体外试验技术,近年来越来越受到广大学者的青睐。其基本原理是将靶蛋白-GST融合蛋白亲和 固化在谷胱甘肽亲和树脂上,作为与目的蛋白亲和的支撑物,充当一种“诱饵蛋白”,目的蛋白溶液过柱,可从中捕获与之相互作用的“捕获蛋 ...
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抗体,也叫免疫球蛋白 (Ig)，是一种能特异性结合抗原的糖蛋白,而抗原是在易感染动物体内引发抗体产生的物质。在体内，抗体是由于外源性分子的侵袭而产生的。抗体以一个或者多个 Y 字形单体存在,每个 Y 字形单体由 4 条多肽链组成,包含两条相同的重链和两条相同的轻链。轻链和重链是根 ...
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现今的蛋白质组学分析中，肽段的分级是个不能缺步骤。根据不同属性对肽段进行分级，可将分级方法大致分为三大类。
OFF Gel（IEF）：是在凝胶中基于肽段的等电点不同的原理对肽段样品进行分级的方法。
SCX：基于肽段强阳离子的吸附强弱，对样品进行分级。由于使用的Buffer体系的 ...
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“分辨率”和“分辨能力”
“高(质量)分辨率”和“分辨能力”这两个概念常常互相替换使用。高分辨率对于不同峰的分离是非常必要的，并且可以确保在某个特定检测条件下只有通种离子。它的测定既可以是精确质量数的确认，也可以是特异性的定量分析。高分辨率对于包含复杂基质的所有类型实验都尤为重 ...
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在传统的shotgun蛋白组学中，研究人员首先要将蛋白酶解成短的肽段，然后使用LC在进行MS之前进行分级。这些基本流程在研究人员不断探索中得到优化和改善。
根据Kelstrup et al. (2014)的研究：不同的设备可能影响MS输出的光谱范围。在目前已发表的 ...
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样品的复杂性是对基于质谱的蛋白质组学方法最大的障碍。就拿人的细胞系举例子，最少由10000个基因编码的可供检测到的蛋白，运用自上而下的蛋白质组学方法，只能检测到千百个蛋白。前期的分级并不能完全解决这个问题，所以还需要更长的分析时间。由于在相同的时间段洗脱不同丰度的蛋白，所以对质 ...
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设计基于蛋白质组学的串联质谱实验需要选择最好的蛋白质和肽段的分离方式这有利于得到最佳的蛋白质覆盖率。但是一个研究者如何确定哪个是最佳的方法呢？Mostovenko et al. (2013)提供了一个灵活方法探索这个难题。全面理解这三个最主流的方法-阳离子交换色谱(SCX),肽等 ...
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人体血液是很容易获取的实验材料，用于检测发现生物标志物，来诊断和监视疾病的发展。血液普遍存在于身体里，为细胞和组织提供能量和清除废物。血液样品在临床上很容易获得，但含有像白蛋白这样的高浓度蛋白，在质谱分析中，那些高丰度的蛋白常常会将具有意义的低丰度蛋白掩盖。
Dayon和Kuss ...
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在生物体液中，尿液在大量通过非入侵性手段中具是有显著的临床优势。 因为肾脏过滤血浆，许多在血浆中检测到的蛋白在尿液中也是可以检测得到的，包括那些具有潜力作为生物标志物的蛋白。研究尿液样品通常使用上清液而抛弃沉淀物和颗粒物。然而在尿沉淀中可能有临床泌尿疾病的信息，特别是泌尿系统疾病 ...
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Precipitation techniques
Purpose: to concentrate the sample and remove small interfering species, such as salts & detergents, fordownstr ...
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分辨率（resolution）：两个相邻的质谱峰之一的质量数与两者质量数之差的比值，规定为仪器的分辨率，用R表示。设两个相邻峰的质量数分别为M1和M2，两峰质量数之差为ΔM，则分辨率R=M2（或1）/M2-M1=M/ΔM（1），如M1=500，M2=501，两峰刚好完全分开，则R ...
