质谱数据质量分析

基于质谱平台进行蛋白质组测序已经成为主流，随着质谱仪器的进步和发展，实验产出质谱数据的精度和通量也日益提高。海量的质谱数据通常会被送入数据库搜索引擎进行谱图鉴定，之后，通常选取打分值最高的肽段谱图匹配(peptide spectrum matches，PSM)作为最佳匹配，而有研究指出肽段谱图匹配中仅有20%～40%为可信匹配。因此从所有PSM中分离出真正正确的鉴定结果显得尤为重要。我们从以下几个方面对鉴定到的蛋白组数据进行质量评估：1. 二级质谱匹配误差分布（MSMS-ppm）、2. 质谱鉴定MSMS、肽段已经蛋白质等数目统计分析（Mass_info）、3. 肽段长度分布（Peptide-length）、4. 蛋白质分子量分布（Protein-MW）、5.蛋白质鉴定覆盖率分布（Protein-Coverage）、6. 蛋白质特异肽段-肽段匹配分布（UniquePeptide）。

MSMS-ppm Mass_info Peptide-length Portein-MW Protein-Coverage UniquePeptide