KEGG Pathway分析

KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因与基因组百科全书）是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。把从已经完整测序的基因组中得到的基因目录与更高级别的细胞、物种和生态系统水平的系统功能关联起来是KEGG数据库的特色之一。

人工创建了一个知识库，这个知识库是基于使用一种可计算的形式捕捉和组织实验得到的知识而形成的系统功能知识库。它是一个生物系统的计算机模拟。与其他数据库相比，KEGG 的一个显着特点就是具有强大的图形功能，它利用图形而不是繁缛的文字来介绍众多的代谢途径以及各途径之间的关系，这样可以使研究者能够对其所要研究的代谢途径有一个直观全面的了解。

KEGG注释分析 KEGG富集分析

针对所有鉴定到的蛋白质集合或筛选出的差异表达蛋白质进行KEGG通路注释，分析并确定这些蛋白质参与的最主要的代谢和信号转导途径。

通过组学手段获得大量数据以后，我们希望站在更高的角度去看这些分子与哪些生物学过程相关。通过通常各种注释，对这些基因/蛋白进行分类，从简单的功能分类比率上并不能反馈出真正的变化，这个时候就需要把整个物种或者部分基因作为背景来进行分析。KEGG的富集分析，除了要寻找目标基因或者蛋白质所参与的Pathway以外，还要将它们在这些pathway中的分布比率与背景的分布情况进行比较，并对每个pathway进行显著性分析。