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质谱相关术语解释
分辨率（resolution）：两个相邻的质谱峰之一的质量数与两者质量数之差的比值，规定为仪器的分辨率，用R表示。设两个相邻峰的质量数分别为M1和M2，两峰质量数之差为ΔM，则分辨率R=M2（或1）/M2-M1=M/ΔM（1），如M1=500，M2=501，两峰刚好完全分开，则R=500/501-500=500。双聚焦磁质谱仪的分辨率为10,000-100,000。傅立叶变换离子回旋共振质谱仪的分辨率可达1000,000。
灵敏度（sensitivity）：绝对灵敏度指仪器可检测的最小样品量（必要时注明相应的信噪比）；相对灵敏度指仪器可同时测定的大组分与小组分的含量，常用1×10-6表示。最新型的基质辅助激光解吸附飞行时间质谱仪的灵敏度可达10-15-10-18。
准确度（accuracy））：指质谱分析的测定值（质量、同位素比值或化学组分）与理论值的偏差。最新型的四极杆飞行时间质谱仪的质量准确度可达5ppm.傅立叶变换离子回旋共振质谱仪的质量准确度可达1ppm。
质量范围：质谱仪所能测定的原子量（分子量）范围，单位为Da。最新型的基质辅助激光解吸附飞行时间质谱仪的质量范围可达400，000Da。
分子离子：有机化合物分子受到外来电子撞击后，绝大多数是失去一个电子，这就使分子带有一个正电荷，这种带正电荷的粒子就叫作分子离子。分子离子用来测定化合物的分子量。
碎片离子：当撞击电子能量较高、超过分子本身电离所需能量时，分子离子的一部分、大部分或全部就要发生裂解，生成的分子碎片也可以带正电荷，这就是碎片离子。碎片离子用来测定化合物的结构。
质荷比M/Z：一般Z为1，故M/Z也就认为是离子的质量数，蛋白质等易带多电荷，Z>1.在质谱中不能用平均分子量计算离子的化学组成，例如:不能用氯的平均分子量35.5，而用35和37。同理，溴也是如此，79和81，无80。在质谱图中，根本不会出现35.5的峰。一氯苯的分子峰应是112和114而不是113。
相对丰度：以质谱中最强峰为100%(称基峰)，其他碎片峰与之相比的百分数。
总离子流(TIC)：即一次扫描得到的所有离子强度之和，若某一质谱图总离子流很低，说明电离不充分，不能做为一张总离子流标准质谱图.
动态范围：即最强峰与最弱峰高之比.早期仪器窄，现代计算机接收宽.若太窄，会造成有多个强峰出头，都成为基峰，动态范围而该要的(常为分子峰)却记录不出来.这样的图也是不标准的，检索，解析起来都很困难.
本底：未进样时，扫描得到的质谱图，空气成分，仪器泵油，FAB底物，ESI缓冲液，色谱联用柱流失及吸附在离子源中本底其他样品。因有以上三点，故要控制进样量及放大器放大倍数，还要扣除本底，以得到一张标准的质谱图。