Shotgun-LCMS鉴定

Shotgun(鸟枪法)-LCMS质谱鉴定其基本技术路线是针对液体或SDS-PAGE条带的复杂混合物用酶(Trypsin)酶解成肽段混合物,然后对肽混合物进行多维毛细管液相色谱(Multidi-mensional Protein Identification Technology,Mud PIT)分离和串联质谱分析以及数据库检索,从而确定蛋白质的种类,可同时鉴定成百上千种蛋白质。

技术原理 实验流程 样品要求 案例展示 参考文献

1999年,Yates研究组提出“鸟枪法”(shotgun),其基本技术路线是针对液体或SDS-PAGE条带的复杂混合物用酶(Trypsin)酶解成肽段混合物,然后对肽混合物进行多维毛细管液相色谱分离和串联质谱分析以及数据库检索,从而确定蛋白质的种类,可同时鉴定成百上千种蛋白质。他们把这种思路称为多维蛋白质鉴定技术,即Mud PIT(multidi-mensional protein identification technology)。与传统的双向电泳技术相比具有灵敏度更高,动态检测范围更广等特点。

鸟枪法(shotgun)可以分析全细胞裂解样品和组织抽提物,也可以分析亚细胞分级组分、分离的细胞器等其他亚蛋白质组。

 

鸟枪法蛋白质组学首先将蛋白质混合物酶解成肽段的混合物, 利用质谱进行分析确定该肽段的氨基酸序列,然后计算机根据设定好的运算法则根据肽段的信息在理论蛋白质数据库中检索出这些蛋白质,从而确定该混合物中的蛋白质成分。

SDS-PAGE条带:考染,银染(质谱兼容)条带清晰可见;

蛋白质溶液:蛋白质总量>5ug, 浓度>0.1ug/uL;缓冲液不含去污剂NP40、Triton X-100等。

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